С 1987 по 1989 год музеем заведовала И. З. Мингазова, с 1989 года – и. о. зав. Н. Г. Фаттахова, с 1991 по май 2008 г. – Г. Р. Сакаева, с июня 2008 года – Н. Г. Фаттахова.
В 1993 году коллектив музея был награждён Почётной грамотой Министерства культуры РТ за плодотворную работу по пропаганде жизни и творчества поэта и в связи с 10-летием музея.
В 1998 году за доблестный труд и личный вклад в социально-экономическое и культурное развитие Вахитовского района коллектив награждён Почётной грамотой главы администрации Вахитовского района.
В 2003 году Музей-квартира Мусы Джалиля стал лауреатом премии «Лучший музей года».
В 2006 году Национальным комитетом общественных наград РФ музей награждён орденом Ломоносова за значительный вклад в патриотическое воспитание молодёжи и памяти воинов, павших в борьбе за свободу Отечества (орден № 180).
В 2008 году за многолетнюю плодотворную работу, высокий профессионализм, вклад в развитие музейного дела, пропаганду творчества и жизни великого татарского поэта-героя Мусы Джалиля и в связи с 25-летием со дня основания коллектив музея награждён Почётной грамотой НМ РТ.
В 2013 году туристическая компания «Тройка-плюс К» Музею-квартире Мусы Джалиля выразила благодарность за успехи в деле патриотического воспитания молодёжи, за профессионализм и творческий подход в развитии музея.